С середины лета 1941 года на территории Летнего и Михайловского садов начинают копать щели и траншеи для укрытия от осколков бомб и снарядов. Осенью в Летний сад входят военные, сад закрывается для гражданский лиц. Дирекция сада и научные работники переезжают в Исаакиевский собор, а рабочие в павильон Росси в Михайловском саду. В Летнем саду располагают склад боеприпасов для зенитных орудий, расположенных на Марсовом поле. Так же в саду располагается медсанчасть. В Михайловском саду военные занимают часть сада, прилегающую к храму. На этой территории обучали штыковому бою и другим воинским приемам бойцов учебного пункта Дзержинского района. На набережной Невы была пришвартована подводная лодка. Поэтому бомбы и снаряды попадали в сады не случайно, враг стрелял прицельно по нашим войскам. Например, в апреле 1942 года на Летний сад было сброшено несколько кассет с зажигательными бомбами. Одна из бомб попала на ящики с боеприпасами, и снаряды стали взрываться. В мае 1942 года военные покинули Летний сад.
Не смотря на весь кошмар войны, жизнь продолжалась. Из воспоминаний садовода Летнего сада: » – Война войной, а жизнь жизнью, – думал я, натыкаясь на прижавшихся друг к другу на скамейке лейтенанта и врача стоявшей в саду войсковой части. При моем к ним приближении они отодвигались друг от друга. Я иногда говорил им: «Женитесь уж, раз полюбили друг друга».
В Летнем саду. 15.09.1941 г., художник А.Э. Блэк.
В Летнем саду. 1941-1942 гг., художник М.Г. Платунов
Позиция зенитного орудия на Марсовом поле, 1 марта 1942 года, автор Б. Кудояров.
Бойцы учебного пункта № 2 Дзержинского района на занятиях по штыковому бою в Михайловском саду. Фото 13 ноября 1941 года, автор П. Машковцев.
Бойцы учатся ползать по-пластунски и окапываться в Михайловском саду. Фото 13 ноября 1941 года, автор П. Машковцев.
Советская подводная лодка «Лембит» у набережной Летнего сада в блокадном Ленинграде. Фото 1942 года.